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アイテム
ヒラメ(Paralichthys olivaceus)のミトコンドリアDNA配列の解読と構造的特徴
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/2007450
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/20074500569f088-8041-43bc-acfc-f785d4774ccb
| Item type | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2024-06-10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ヒラメ(Paralichthys olivaceus)のミトコンドリアDNA配列の解読と構造的特徴 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | Sequence and Structure of Japanese Flounder(Paralichthys olivaceus)Mitochondrial Genome | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | metadata only access | |||||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_14cb | |||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
斉藤, 憲治
× 斉藤, 憲治× 小林, 敬典× 林崎, 健一
× 朝日田, 卓
× 横山, 芳博
× 豊原, 治彦
× 山下, 洋 |
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Flatfish and related acanthopterygian fishes with many species important in fisheries await molecular genetic studies for description and conservation of their biodiversity. We cloned and sequenced the complete mitochondrial genome of Japanese flounder Paralichthys olivaceus. A circular 17,090 bp mitochondrial genome from the flounder contains 37 structural genes as in other vertebrates so far reported. The organization including gene order is quite similar to that of other teleostean fishes as well as placental mammals. The putative control region of the Japanese flounder mitochondrial genome contains a length variable region of about a 74 bp tandem repeat cluster. To overview genetic diversity among known sequences from fishes and representative tetrapods, we tried multiple alignments of coding genes. Alignment of rRNA-coding genes was unsuccessful. Amino-acid sequences of protein-coding genes contained several gaps and regions difficult to align among fishes and tetrapods, while it was easy to align among teleostean fishes. Stem regions of tRNA genes were successfully aligned according to known secondary structure model. We adopted the maximum likelihood inference method to examine phylogenetic relationships among teleostean and related fishes. Comparisons of amino-acid sequences of protein-coding genes and nucleotide sequences of tRNA genes resolved middle to deep branches among teleostean fishes. The flounder mitochondrial genome does not show indication of evolutionary rate difference among teleosts leading to difficulty in phylogenetic analyses, and our data is useful for future evolutionary studies dealing with higher teleostean fishes. | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | ヒラメ(Paralichthys olivaceus)および近縁な異体類その他の棘鰭類におけるミトコンドリアDNAの変異性を記述するための基礎的情報を得るため,ヒラメからミトコンドリアDNAを抽出し,クローン化したのち塩基配列を解読した.クローン化したヒラメのミトコンドリアDNAは環状で17090 塩基対あり,2個のrRNA,13個のポリペプチド,および22個のtRNA遺伝子を同定した.遺伝子配置は既知の魚類および有胎盤ほ乳類など,脊椎動物一般と同じであった.調節領域とみられる部位には74塩基を単位とする縦列反復配列があり,この部位にミトコンドリアDNA長における個体変異が生じていた。既知の魚類および代表的な4足動物との間における遺伝的多様性の評価のため,構造遺伝子領域の多重整列を試みた.rRNA遺伝子では全般的に整列が困難であった。ポリペプチド遺伝子のアミノ酸配列レベルについては,真骨魚類間では整列は容易であったが,他の脊椎動物を含めると多くのギャップや整列困難な領域がみられた.tRNA遺伝子領域についてはステム領域では整列は容易であった.多重整列した領域を用いて最尤法により系統推定を行ったところ,真骨魚および脊椎動物のいくつかの大系統の分岐パターンが明らかになった.ヒラメのミトコンドリアDNAには他の真骨魚類と比べて進化速度の明瞭な違いは認められなかったので,異体類その他の棘鰭類の多様性の記述や系統推定に有用な情報を提供する. | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
ja : 東北区水産研究所研究報告 en : Bulletin of Tohoku National Fisheries Researh Institute 巻 64, p. 1-36, ページ数 36, 発行日 2001-03-31 |
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| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | 東北区水産研究所 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Tohoku National Fisheries Researh Institute | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| ISSN | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | PISSN | |||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 0049-402X | |||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | AN00167637 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | Local | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | tnf_k_64_1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2010630393 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | 日本農学文献記事索引(agriknowledge) | |||||||||||||||||||||||||||||
