WEKO3
アイテム
太平洋サケマス類ミトコンドリアDNAのコドンの３番目の位置における同義置換に対するトランジション／トランスバージョン速度比について
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/2007673
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/2007673f4043685-4d80-4a5b-a4cc-f5311a79b426
| アイテムタイプ | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2024-06-18 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | Transition/Transversion Rate Ratio for Synonymous Base Substitutions at the Third Positions of Conserved Codons on Pacific Salmonid Mitochondrial DNAs | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | 太平洋サケマス類ミトコンドリアDNAのコドンの３番目の位置における同義置換に対するトランジション／トランスバージョン速度比について | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | nucleotide divergence; evolutionary distance; salmonid mitochondrial DNA; protein coding sequence; third codon position. | |||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||
| アクセス権 | metadata only access | |||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_14cb | |||||||||||
| その他（別言語等）のタイトル | ||||||||||||
| その他のタイトル | その施策と問題点 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 著者 |
大原, 一郎
× 大原, 一郎
WEKO
81
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| 抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||
| 内容記述 | For the molecular evolution of mitochondrial DNAs (mtDNAs), it has been found that transitions (substitutions between purines or pyrimidines) greatly outnumber transversions (substitutions between purine and pyrimidine) between the sequences of closely related species. A simple method is described to obtain the transition/transversion rate ratio for synonymous substitutions at the third positions of conserved codons on mitochondrial DNAs. Letting Ps and Qs be respectively the fractions of third codon positions showing transitions and transversions per synonymous codon between two compared sequences, and letting F be the fraction of the sites of four-fold degeneracy for third codon positions, then the ratio of the rates of synonymous transition, αs, and synonymous transversion, βs, is given by : αs/ ßs =2 [ln (1-2Ps-Qs) -In {1-F+F√(B)}]/In (B), where B is given by : B=1-2Qs/F. Also, a formula is given which corrects the values of nucleotide divergence for multiple-hits. These formulae were applied to reported mtDNA sequences for Pacific salmonids. The ratio of αs / βs was found to be 5.6 ± 0.3 and was fairly well conserved among every pair of salmonids. On the other hand, the apparent transition/transversion ratio for third positions of protein coding regions with an infinitesimal divergence time was calculated to be 4.9 for Pacific salmonid mtDNAs. | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||
| 内容記述 | ミトコンドリアDNA(mtDNA)の分子進化においては,トランジション(プリン内またはピリミジン内での塩基置換)がトランスバージョン(プリンとピリミジンの間での塩基置換)を大きく上回っている。そこでmtDNAのコドンにおける3番目の位置での同義的なトランジションとトランスバージョンの速度比を算出するための簡単な式を求めた。比較する2配列間での同義コドンあたりのトランジションおよびトランスバージョンの観察される割合をそれぞれPs,Qsとし,同義コドン中に占める4重縮退コドンの割合をFとする。この時,同義的トランジション速度αsと同義的トランスバージョン速度βsの比率は次式で表される:αs/βs=2 [1n(1-2Ps-Qs)-1n{1-F+F√(B)}]/1n(B),ただしB=1-2Qs/F。また多重置換を補正して進化速度を求めるための式も得た。これらの式を6種の太平洋サケマス類で報告された mtDNA配列に適用したところ,as/βs=5.6±0.3と求められ,すべての種間でトランジション/トランスバージョン速度比がほぼ保存されていた。また、無限小の分岐時間におけるトランジションのトランスバージョンに対する見かけの割合は4.9と計算された。 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 書誌情報 |
ja : 養殖研究所研究報告 en : Bulletin of National Research Institute of Aquaculture 巻 29, p. 105-122, ページ数 18, 発行日 2000-03-30 |
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| 出版者 | ||||||||||||
| 出版者 | 養殖研究所 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| ISSN | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | PISSN | |||||||||||
| 収録物識別子 | 0389-5858 | |||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||
| 収録物識別子 | AN00245945 | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 識別子タイプ | Local | |||||||||||
| 関連識別子 | nria_k_29_105 | |||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||
| 関連識別子 | https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2010610406 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 関連名称 | 日本農学文献記事索引(agriknowledge) | |||||||||||
