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アイテム
Improving taxonomic classification of marine zooplankton by molecular approach: registration of taxonomically verified 18S and 28S rRNA gene sequences
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/2000191
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/20001915ddd2fcc-183b-41ae-ae25-9efb0c586cbc
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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watanabe et al Improving taxonimic classification.pdf (2.4 MB)
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| Item type | 学術雑誌論文 / Journal Article(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2024-02-20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | Improving taxonomic classification of marine zooplankton by molecular approach: registration of taxonomically verified 18S and 28S rRNA gene sequences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | Japan; Marine biology; Metabarcoding; Pacific Ocean; Plankton; Species identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
渡辺, 剛
× 渡辺, 剛× 平井, 惇也
× Sildever, Sirje
× 田所, 和明× 日髙, 清隆× 谷田, 巖× 西内, 耕× 井口, 直樹× 葛西, 広海× ニシ, ノリコ
× カタクラ, セイジ
× 谷内, 由貴子× 児玉, 武稔
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411
× 田代, 郷国× 中江, 美里× 岡崎, 雄二× 北島, 聡
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371
× 寒川, 清佳× 長谷川, 徹× 東屋, 知範× 廣江, 豊× 安倍, 大介× 瀬藤, 聡× 伊藤, 大樹× 日下, 彰× 奥西, 武× 田中, 雄大× 桑田, 晃× 長谷川, 大介
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901
× 筧, 茂穂× 清水, 勇吾× 長井, 敏 |
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Background: Zooplankton plays an important role in the marine ecosystem. A high level of taxonomic expertise is necessary for accurate species identification based on morphological characteristics. As an alternative method to morphological classification, we focused on a molecular approach using 18S and 28S ribosomal RNA (rRNA) gene sequences. This study investigates how the accuracy of species identification by metabarcoding improves when taxonomically verified sequences of dominant zooplankton species are added to the public database. The improvement was tested by using natural zooplankton samples. Methods: rRNA gene sequences were obtained from dominant zooplankton species from six sea areas around Japan and registered in the public database for improving the accuracy of taxonomic classifications. Two reference databases with and without newly registered sequences were created. Comparison of detected OTUs associated with single species between the two references was done using field-collected zooplankton samples from the Sea of Okhotsk for metabarcoding analysis to verify whether or not the newly registered sequences improved the accuracy of taxonomic classifications. Results: A total of 166 sequences in 96 species based on the 18S marker and 165 sequences in 95 species based on the 28S marker belonging to Arthropoda (mostly Copepoda) and Chaetognatha were registered in the public database. The newly registered sequences were mainly composed of small non-calanoid copepods, such as species belonging to Oithona and Oncaea. Based on the metabarcoding analysis of field samples, a total of 18 out of 92 OTUs were identified at the species level based on newly registered sequences in the data obtained by the 18S marker. Based on the 28S marker, 42 out of 89 OTUs were classified at the species level based on taxonomically verified sequences. Thanks to the newly registered sequences, the number of OTUs associated with a single species based on the 18S marker increased by 16% in total and by 10% per sample. Based on the 28S marker, the number of OTUs associated with a single species increased by 39% in total and by 15% per sample. The improved accuracy of species identification was confirmed by comparing different sequences obtained from the same species. The newly registered sequences had higher similarity values (mean >0.003) than the pre-existing sequences based on both rRNA genes. These OTUs were identified at the species level based on sequences not only present in the Sea of Okhotsk but also in other areas. Discussion: The results of the registration of new taxonomically verified sequences and the subsequent comparison of databases based on metabarcoding data of natural zooplankton samples clearly showed an increase in accuracy in species identification. Continuous registration of sequence data covering various environmental conditions is necessary for further improvement of metabarcoding analysis of zooplankton for monitoring marine ecosystems. |
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| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bibliographic_information |
en : PeerJ – the Journal of Life & Environmental Sciences p. e15427, 発行日 2023-06-07 |
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| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Peer J | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| item_10001_source_id_9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | EISSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 2167-8359 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| item_10001_relation_13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | 37334134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| item_10001_relation_14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | 10.7717/peerj.15427 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | Local | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | 23236006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | 水産資源研究所 水産資源研究センター 社会・生態系システム部 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連タイプ | isIdenticalTo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://peerj.com/articles/15427/ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | Peer J | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連タイプ | isIdenticalTo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37334134/ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | Pub Med | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | AO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
