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  1. 学術雑誌論文

The genome of the diatom Chaetoceros tenuissimus carries an ancient integrated fragment of an extant virus

https://fra.repo.nii.ac.jp/records/85
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/85
6741f02c-503c-45e2-a826-d05ed4d5b9c3
名前 / ファイル ライセンス アクション
10055032.pdf 10055032 (2.0 MB)
CC BY 4.0
(c)Authors
Item type 学術雑誌論文 / Journal Article(1)
公開日 2022-09-28
タイトル
タイトル The genome of the diatom Chaetoceros tenuissimus carries an ancient integrated fragment of an extant virus
言語 en
言語
言語 eng
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
資源タイプ journal article
著者 本郷, 悠貴

× 本郷, 悠貴

WEKO 902
e-Rad 20737316
ORCID 0000-0003-1434-1220

en Hongo, Yuki

ja 本郷, 悠貴


ja-Kana ホンゴウ, ユウキ

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キムラ, ケイ

× キムラ, ケイ

en Kimura, Kei
Saga University

ja キムラ, ケイ
佐賀大学

ja-Kana キムラ, ケイ

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タカキ, ヨシヒロ

× タカキ, ヨシヒロ

en Takaki, Yoshihiro
Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

ja タカキ, ヨシヒロ
海洋研究開発機構

ja-Kana タカキ, ヨシヒロ

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ヨシダ, ユカリ

× ヨシダ, ユカリ

en Yoshida, Yukari
Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

ja ヨシダ, ユカリ
海洋研究開発機構

ja-Kana ヨシダ, ユカリ

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ババ, シュウイチロウ

× ババ, シュウイチロウ

en Baba, Shuichiro
Kagoshima University

ja ババ, シュウイチロウ
鹿児島大学

ja-Kana ババ, シュウイチロウ

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コバヤシ, ゲンタ

× コバヤシ, ゲンタ

en Kobayashi, Genta
Saga University

ja コバヤシ, ゲンタ
佐賀大学

ja-Kana コバヤシ, ゲンタ

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ナガサキ, ケイゾウ

× ナガサキ, ケイゾウ

en Nagasaki, Keizo
Kochi University

ja ナガサキ, ケイゾウ
高知大学

ja-Kana ナガサキ, ケイゾウ

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羽野, 健志

× 羽野, 健志

WEKO 946
e-Rad 30621057
ORCID 0000-0002-7670-5264

en Hano, Takeshi

ja 羽野, 健志


ja-Kana ハノ, タケシ

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外丸, 裕司

× 外丸, 裕司

WEKO 737
e-Rad 10416042

en Tomaru, Yuji

ja 外丸, 裕司


ja-Kana トマル, ユウジ

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抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 Diatoms are one of the most prominent oceanic primary producers and are now recognized to be distributed throughout the world. They maintain their population despite predators, infections, and unfavourable environmental conditions. One of the smallest diatoms, Chaetoceros tenuissimus, can coexist with infectious viruses during blooms. To further understand this relationship, we sequenced the C. tenuissimus strain NIES-3715 genome. A gene fragment of a replication-associated gene from the infectious ssDNA virus (designated endogenous virus-like fragment, EVLF) was found to be integrated into each 41 Mb of haploid assembly. In addition, the EVLF was transcriptionally active and conserved in nine other C. tenuissimus strains from different geographical areas, although the primary structures of their proteins varied. The phylogenetic tree further suggested that the EVLF was acquired by the ancestor of C. tenuissimus. Additionally, retrotransposon genes possessing a reverse transcriptase function were more abundant in C. tenuissimus than in Thalassiosira pseudonana and Phaeodactylum tricornutum. Moreover, a target site duplication, a hallmark for long interspersed nuclear element retrotransposons, flanked the EVLF. Therefore, the EVLF was likely integrated by a retrotransposon during viral infection. The present study provides further insights into the diatom-virus evolutionary relationship.
言語 en
書誌情報 en : Scientific Reports

巻 11, 号 1, p. 1-13, ページ数 13, 発行日 2021-11-24
出版者
出版者 Nature Research
言語 en
ISSN
収録物識別子タイプ PISSN
収録物識別子 2045-2322
PubMed番号
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ PMID
関連識別子 34819553
DOI
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ DOI
関連識別子 10.1038/s41598-021-00565-3
情報源
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ Local
関連識別子 10055032
言語 ja
関連名称 Fraism
関連サイト
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ URI
関連識別子 https://www.nature.com/articles/s41598-021-00565-3
言語 en
関連名称 Springer Nature:Scientific reports
関連サイト
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ URI
関連識別子 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34819553/
言語 en
関連名称 Pub Med
著者版フラグ
出版タイプ VoR
出版タイプResource http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
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Ver.1 2023-06-20 14:07:20.174282
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