WEKO3
アイテム
Comparing PCR-generated artifacts of different polymerases for improved accuracy of DNA metabarcoding
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/95
https://fra.repo.nii.ac.jp/records/9556037657-6fce-4211-9366-82dc3eb0d860
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
10055901 (1.4 MB)
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CC BY 4.0
(c)Authors |
| Item type | 学術雑誌論文 / Journal Article(1) | |||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2022-10-03 | |||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | Comparing PCR-generated artifacts of different polymerases for improved accuracy of DNA metabarcoding | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | chimeric sequences | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | DNA polymerase | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | high throughput sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | metabarcoding | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | PCR-generated artifacts | |||||||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||||||
| 主題 | 18S rRNA gene | |||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
長井, 敏
× 長井, 敏× Sildever, Sirje
× ニシ, ノリコ
× トザワ, サトシ
× Basti, Leila
× 小林, 敬典× イシノ, ヨシズミ
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Accuracy of PCR amplification is vital for obtaining reliable amplicon-sequencing results by metabarcoding. Here, we performed a comparative analysis of error profiles in the PCR products by 14 different PCR kits using a mock eukaryotic community DNA sample mimicking metabarcoding analysis. To prepare a mock eukaryotic community from the marine environment, equal amounts of plasmid DNA from 40 microalgal species were mixed and used for amplicon-sequencing by a high-throughput sequencing approach. To compare the differences in PCR kits used for this experiment, we focused on the following seven parameters: 1) Quality, 2) Chimera, 3) Blast top hit accuracy, 4) Deletion, 5) Insertion, 6) Base substitution and 7) Amplification bias amongst species. The results showed statistically significant differences (p < 0.05) for all of the seven parameters depending on the PCR kits used. These differences may result from the different DNA polymerases included in each kit, although the result can also be influenced by PCR reaction conditions. Simultaneous analysis of several parameters suggested that kits containing KOD plus Neo (TOYOBO) and HotStart Taq DNA polymerase (BiONEER, CA, US) at the annealing temperature of 65 °C displayed better results in terms of parameters associated with chimeras, top hit similarity and deletions. | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : Metabarcoding and Metagenomics 巻 6, p. e77704, 発行日 2022-02-22 |
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| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Pensoft Publishers | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| ISSN | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | EISSN | |||||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 2534-9708 | |||||||||||||||||||||||||||||
| DOI | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連タイプ | isIdenticalTo | |||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | 10.3897/mbmg.6.77704 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | Fraism:10055901 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://www.doi.org/10.3897/mbmg.6.77704 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | Metabarcoing & Metagenomics | |||||||||||||||||||||||||||||
| 著者版フラグ | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||||||||||||||||||||||||||
